合作协议中不发工资的情形存在法律风险，以下为您举例说明：
1. **诉讼时效风险**：若合作协议实质为劳动关系，员工未及时主张工资，超过一年仲裁时效可能无法通过仲裁维权。例如，员工在知晓公司不发工资后两年才申请劳动仲裁，仲裁机构可能驳回其请求。
2. **证据链风险**：缺乏充分证据证明劳动关系或实际提供劳动，可能导致无法追讨工资。比如员工仅提供合作协议，但协议未明确劳动内容，又无工作记录、考勤记录等其他证据，难以证明自己提供了劳动，无法主张工资。
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合作协议不发工资的处理还可能受特殊情况影响，以下为您解释：
1. **协议明确约定无偿劳动且非劳动关系主体**：若合作协议由两个平等民事主体签订，明确约定一方提供劳务且不收取报酬（如朋友间帮忙完成项目并约定无工资），因双方自愿且不违反法律强制性规定，该不发工资约定可能有效，处理时认可其效力。
2. **劳动者未实际提供劳动**：若合作协议虽约定劳动内容，但劳动者未实际履行，用人单位无需支付工资。此时不发工资的约定合理，处理时会认定用人单位行为不违法。
3. **公司因不可抗力无法支付工资**：若公司因地震、战争等不可抗力导致无法按时支付工资，且及时与员工协商、不可抗力消除后立即支付，该行为可能不被认定违法。处理时会综合判断不可抗力影响程度及公司补救措施。
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处理合作协议不发工资问题时，需避免以下常见错误操作影响维权效果：
1. **忽视协议性质盲目维权**：不清楚合作协议是劳动关系还是民事合作关系，就直接申请劳动仲裁或诉讼，可能因法律关系认定错误导致维权失败。例如，民事合作按劳动关系申请仲裁会被驳回。
2. **不及时收集和保存证据**：未及时收集证明劳动事实、协议约定等关键证据，或证据保存不当导致丢失损坏，后期维权因无法提供有效证据，可能无法证明主张，难以追回工资。
3. **超过维权时效**：若属劳动关系，劳动争议仲裁时效为一年（从知道或应当知道权利被侵害之日起算），超过时效可能导致仲裁请求不被支持。若对这些操作不确定，您可以咨询我，我会为您提供解答。
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合作协议不发工资是否有效，需结合具体情况判断。一般而言，若协议实质为劳动合同且劳动者提供了劳动，不发工资的约定无效：
1. **名为合作实为劳动合同且提供劳动**：若合作协议实质为劳动合同，且劳动者实际提供劳动，协议中不发工资条款无效。此时双方本质为劳动关系，用人单位必须遵守劳动法工资支付的强制性规定。
2. **平等主体间民事合作且明确约定无偿**：若合作协议为平等主体间的民事合作，未形成劳动关系，且协议明确约定一方无需支付劳动报酬，同时不违反法律、行政法规强制性规定，则不发工资约定可能有效。
3. **约定劳动却不支付工资**：若合作协议约定一方需提供劳动，却又约定不支付工资，无论是否构成劳动关系，该约定因排除劳动者主要权利或违反公平原则，可能被认定为无效。

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